Der Forschungsschwerpunkt KLS basiert auf strategischen Investitionen in die technologische Infrastrukturexzellenz. Die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler arbeiten in forschungsgesteuerten Netzwerken ohne disziplinäre oder institutionelle Einschränkungen. Ein Exzellenzcluster, Sonderforschungsbereiche, Schwerpunktprogramme und eine internationale Max Planck Research School bilden zurzeit das Zentrum von KLS. Zusätzliche externe Partnerorganisationen sorgen für einen kontinuierlichen Austausch mit zahlreichen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern verschiedenster Fachdisziplinen.

• Exzellenzcluster 2167 "Präzisionsmedizin für chronische Entzündungserkrankungen" (PMI): precisionmedicine.de
• Sonderforschungsbereich 1182: „Entstehen und Funktionieren von Metaorganismen“
• Sonderforschungsbereich 877: Proteolysis as a Regulatory Event in Pathophysiology
• Kiel Plant Center (KPC): plant-center.uni-kiel.de/en
• ZMB: Zentrum für Molekulare Biowissenschaften Kiel
• Graduiertenkolleg „Translational Evolutionary Research“ (GRK 2501)
• Forschungsgruppe (FOR 5042) miTarget: Das Mikrobiom als therapeutisches Target bei chronisch entzündlichen Darmerkrankungen
• SYSCID: A systems medicine approach to chronic inflammatory diseases
• interaktive evolutionswissenschaftliche Plattform: Kiel Evolution Center
• FoCus / Zentrum für präventive Ernährungs- und Lebensmittelforschung (ZpEL): Das Kompetenznetzwerk Food Chain Plus 
• Internationale Graduiertenschule (IMPRS): International Max Planck Research School for Evolutionary Biology
• Research Training Group 1743: Genes, Environment, Inflammation
• Netzwerk Bioinformatik Netzwerk
• Netzwerk Kiel Oncology Network
• UCCSH: Universitäres Cancer Center Schleswig-Holstein
• Netzwerk Kiel Network of Analytical Spectroscopy and Mass Spectrometry

• CCGA: Competence Centre for Genomic Analysis